In 1821 werd Honduras onafhankelijk van Spanje, waarbij Francisco Morazán als eerste president werd aangesteld.

Honduras vormde de zuidoostelijke punt van het Indiaanse Maya-rijk, dat zich via Guatemala tot de stad Copán in West-Honduras naar het zuiden uitspreidde. Deze grootse Indiaanse Maya-beschaving was in 1502, toen Christoffel Columbus op Hondurese grond arriveerde, reeds verdwenen. Honduras werd gekoloniseerd door de Spanjaarden nadat het verzet van de Lenca indianen was gebroken. Het omgekomen Lenca-hoofd, Lempira, leeft nog immer voort als volksheld en wordt geëerd door de nationale munt, die naar hem is vernoemd. In 1821 werd Honduras onafhankelijk van Spanje, waarbij Francisco Morazán als eerste president werd aangesteld. Honduras sloot zich aan bij de Midden-Amerikaanse federatie. Ten gevolge van een boerenopstand in 1839 brak deze federatie echter uiteen in 4 afzonderlijke staten, waaronder Honduras. Tot in de jaren zeventig van de negentiende eeuw volgden burgeroorlogen en onrust elkaar op. In 1876 werd tenslotte, met de hulp van andere Midden-Amerikaanse Staten, de liberale Marco Aurelio Soto tot president benoemd. Vanaf eind 19e eeuw werden de eerste 'bananenconcessies' afgegeven, veelal aan Amerikaanse bedrijven.

De periode 1932-1982 werd gekenmerkt door militaire coups en dictatoriale bewinden. De politieke strijd ging voornamelijk tussen twee partijen, de Partido Nacional (PN) en de Partido Liberal (PL). Presidenten werden geleverd door zowel de door het leger gesteunde PN (Tiburcio Carias Andino, van 1933-1949, Juan Manuel Galvez, van 1949 tot 1957) als het leger zelf (Generaal Oswaldo López Arellano, van 1965-1975). Met de verkiezingen in november 1981 leek er een einde te zijn gekomen aan de militaire regimes. Roberto Suazo Córdova won de verkiezingen en trad in januari 1982 de functie als president. Het leger was echter met name in het begin van de jaren tachtig nog zeer invloedrijk en politieke tegenstanders werden op grote schaal onderdrukt. De President had toen vooral een ceremoniële taak. De democratie had het zwaar te verduren door o.m. de economische crisis en de door de VS gefinancierde 'Contra-oorlog' in Nicaragua (de aanvallen op Nicaragua vonden plaats vanuit Honduras). Eind jaren tachtig nam de macht van het leger echter langzaam af, voornamelijk als gevolg van onderzoeken naar mensenrechtenschendingen en corruptie. De politieke macht van de President nam toe.

Op 25 november 2001 werd PN-kandidaat Ricardo Maduro Joest tot President van Honduras gekozen. Zijn Partido Nacional behaalde met 61 zetels echter geen meerderheid in het parlement. De inauguratie vond plaats op 27 januari 2002.