In 1962 wordt Uganda onafhankelijk van Groot-Brittannië. Uganda zal in de jaren na de onafhankelijkheid 8 regeringswisselingen kennen in 36 jaar, waarvan enkele gepaard gaan met zeer veel geweld.

Over de oorspronkelijke bewoners van Uganda is weinig bekend. In de 18 e eeuw waren op het huidige Ugandese grondgebied twee etnische groepen woonachtig; Bantu- volkeren in het zuiden en Nilotische volkeren in het noorden. In het zuiden woonden voornamelijk landbouwers georganiseerd in koninkrijken, waarvan Buganda het belangrijkste rijk was. De Niloten waren voor het merendeel veehouders.

Begin 19e eeuw vestigden zich enkele Arabische handelslieden (slavenhandelaren) in het gebied, aangetrokken door ivoor en slaven. Aan het einde van de 19e eeuw kwam Uganda onder indirect Brits bestuur te staan en gedurende de eerste helft van de 20e eeuw werd een klassieke koloniale economie ontwikkeld, met voornamelijk cash crops (vooral koffie en katoen), aangevuld met gewassen voor lokale consumptie. Doordat de Britten vanaf eind 19e eeuw veel Indiërs naar Oost-Afrika haalden voor de aanleg van het Keniaanse en Ugandese spoorwegennet, groeide de Aziatische bevolkingsgroep flink. Later zou deze groep veel activiteiten binnen de commerciële en industriële sector in het land beginnen.

De instabiliteit van het land is door sommigen toegeschreven aan de enorme etnische verscheidenheid die Uganda kent. Andere verklaringen beroepen zich op de grotere (militaire) machtspositie van het noorden.

In 1962 wordt Uganda onafhankelijk van Groot-Brittannië. Uganda zal in de jaren na de onafhankelijkheid 8 regeringswisselingen kennen in 36 jaar, waarvan enkele gepaard gaan met zeer veel geweld.

De eerste regering van het onafhankelijke Uganda werd formeel geleid door president Mutesa (een voormalig koning van het zuidelijke Buganda), maar de uitvoerende macht lag in werkelijkheid bij premier Milton Obote (een Langi uit het noorden). In 1966 nam Obote met behulp van het leger de macht over en benoemde zichzelf tot president. Protesten en geweld in Buganda werden door het leger, onder leiding van generaal Idi Amin, met harde hand onderdrukt. In 1971 volgde een nieuwe militaire coup, nu door Amin. Zijn bewind genoot aanvankelijk de steun van de bevolking en de massale deportatie van Aziaten uit het land werd door vele Afrikanen toegejuicht. De populariteit van Amin nam echter snel af, net als zijn greep op het volk, dat hij probeerde te verdelen door de etnische tegenstellingen te benadrukken. Tijdens het gewelddadige bewind van Amin vielen naar schatting enkele honderdduizenden doden. Door interventie van Tanzania, dat het regime van Amin nooit erkend had, moest Amin het veld ruimen. Hierna volgden twee korte regeerperiodes die geen stabiliteit in het land brachten. Bij verkiezingen in 1980 kwam Obote opnieuw aan de macht als leider van het Uganda National Liberation Front (UNLF). Er brak weer een periode aan van zeer veel geweldaardigheden en binnenlandse onrusten. Volgens de meeste bronnen werden er door politie en leger zelfs meer slachtoffers gemaakt dan ten tijde van het Amin-bewind, ca. 500.000. Conflicten tussen de verscheidene etnische groepen in het leger leidden uiteindelijk tot het afzetten van Obote in 1985. Onderhandelingen tussen de verschillende partijen onder leiding van de Keniaanse president Moi, leidden tot niets. In januari 1986 greep de National Resistance Army (NRA), voorheen de Uganda Patriotic Movement, onder leiding van Yoweri Museveni de macht. Deze had tot dan toe als guerrillabeweging geopereerd tegen het bewind van Obote. Museveni werd de nieuwe president en vervult nog immer die positie.